La Cour annule parallèlement l’arrêt du Tribunal du 10 décembre 2015 et rejette le recours du Polisario comme irrecevable. Ces deux éléments doivent être lus ensemble : l’issue procédurale favorable au Conseil de l’UE ne signifie pas que l’application des accords au territoire est validée.
Le raisonnement repose sur le statut séparé et distinct du territoire en droit international et sur l’effet relatif des traités. Dans leur déclaration du même jour, l’UE et le Maroc prennent acte de la décision et réaffirment leur partenariat. L’arrêt porte sur ces instruments commerciaux ; il ne constitue pas un accord politique sur le statut final.