Les racines sont antérieures au conflit armé : sociétés tribales et nomades, commerce transsaharien, liens religieux et politiques avec les sultans du Maroc, puis implantation espagnole à partir de 1884. Les liens d’allégeance invoqués par Rabat seront examinés par la CIJ en 1975. Ils ne se confondent pas automatiquement avec les frontières d’un État contemporain.
L’indépendance marocaine en 1956 ouvre une politique de récupération des territoires sous domination européenne. Tarfaya est rétrocédée en 1958 et Ifni en 1969 ; leur parcours ne règle pas celui du Sahara espagnol, inscrit par l’ONU parmi les territoires non autonomes en 1963. La résolution 2229 de 1966 préconise pour celui-ci un référendum sous les auspices de l’ONU. C’est l’origine du croisement entre revendication marocaine d’intégrité territoriale et procédure onusienne d’autodétermination.